Aliens: Fireteam Elite ist ein Third-Person-Multiplayer-Shooter über den Weltraum und den Krieg mit Aliens. Im Gegensatz zu Alien: Isolation konzentriert sich das Spiel nicht auf Überleben und Horror, sondern auf aktive Aktionen.

Die Ereignisse spielen in der Zukunft, 23 Jahre nach den Ereignissen der Alien-Filme. Die Menschheit kolonisiert andere Planeten, aber wir sind nicht allein im Universum.

Der Spieler übernimmt die Rolle eines Colonial Marine, der an Bord des Raumschiffs USS Endeavour dient und dafür verantwortlich ist, auf SOS-Signale aus den äußeren Kolonien zu reagieren. Die USS Endeavour empfängt ein Signal von einer entfernten zerstörten Ölraffinerie. Die Marines, die an der Station angekommen sind, stellen fest, dass sie von Xenomorphen (einer außerirdischen Lebensform) übernommen wurde. Es gelingt ihnen, den einzigen überlebenden Wissenschaftler zu retten. Um die von ihm bereitgestellten Informationen zu überprüfen und die Erde vor dem Eindringen von Außerirdischen zu schützen, landen die Infanteristen auf dem Planeten LV-895, wo sie Kampfhandlungen durchführen.

Die Hauptfigur wird bei Missionen von zwei Verbündeten begleitet, die von anderen Spielern (im Falle eines kooperativen Spiels) oder künstlicher Intelligenz (Einzelspieler-Spiel) gesteuert werden können. Insgesamt gibt es fünf Charakterklassen im Spiel: Shooter, Blaster, Techniker, Sanitäter und Scout. Jeder von ihnen hat einzigartige Fähigkeiten.